第二部（53-104集）：
超人团队新增一名成员——小心超人，五位超人终于成功聚集。宅博士决定将超人们送入校园，与星星球的小朋友一样，在学校学习新的技能与知识。大大怪为了破坏超人们的学习，决定混入学校当校工，同时安排小小怪进入学校当学生，与超人们成为同班同学。就在大大怪准备实行这一计划的时候，灰心星球司令已经等不及，亲自出发来到星星球，并开设了一所怪兽培训学院，常培养出各种各样的怪兽破坏星星球，就这样，新一场乌龙、搞笑，充满勇气和爱心的超人与怪兽对战即将开展。
第三部（1-52集）：
星星球出现了第三方势力的威胁，开心超人与他的伙伴们面临前所未有的危机，在这危急的时刻，超人们需要提升自己的力量，用更大的勇气和坚定的友情，完成保护星星球的重任。
第三季的故事强调了温情，兼顾教育意义，例如：超人之间的友情升华，灯泡与儿子的父子情，小小怪敬母，博士对超人的关怀，师生之情等。并增加增加科幻元素，结合学校的学习，让超人们掌握更多技能！
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