2099年，地球由于环境污染,已经濒临毁灭的边缘，人类不得不把地球上的污染源全部转移到B25小行星上。数年后，B25小行星产生了一股黑暗势力——煞星军团。它们妄图在地球上抢夺传说中的能量水晶，从而摧毁或变异地球上的一切生物。
地球上的四个孩子无意中发现了神秘的晶码机和四只晶码兽。他们得知了煞星军团的阴谋，并被赋予找到水晶、拯救地球的重大使命，成为了晶码战士。
晶码战士们一路与魔兽们斗智斗勇，在战斗中提升自己的实力；他们帮助晶码兽们完成一次次进化，并和它们结成了深厚的友谊。
煞星最终降临地球，晶码战士们依靠各自的智慧、团结的力量和必胜的勇气，以及保护地球、与黑暗战斗到底的坚定意志和决心，和煞星展开了决战…… | 
